Maconomy har sin opprinnelse fra PPU Software A/S, som ble grunnlagt i 1983 av Per Tejs Knudsen, Philip Dam og Ulrik Jørring.
I 1984-1989 arbeidet de tre grunderene med stor iver for å utvikle teknologien som la grunnlaget for videre vekst. PPU Software A/S utviklet og markedsførte en forretningsapplikasjon for Hewlett-Packard HP3000 mini computer. I 1989 ble alle aktiviteter samlet i datterselskapet PPU Maconomy A/S,
med Per Tejs Knudsen som konsernsjef.
I løpet av 1990 årene utviklet selskapet support for internett uten å måtte re-designe sin produktarkitektur. I 1998 lanserte Maconomy sin første internetbaserte løsning, inkludert en webshop og en Javabasert timeseddel klient.
Sett i lys av den vedvarende sterke veksten i Maconomys markedssegment, bestemte selskapet seg for å gå på børs i 2000. Til tross for betydelig turbulens på det internasjonale aksjemarkedet var Maconomy i stand til å gjennomføre børsnoteringen. Dette ga grunnlaget for videre vekst av selskapet.
Bent Larsen som var styrets leder i mer enn ti år, ble utnevnt til CEO i 2002. En vekststrategi ble deretter annonsert. Strategien varslet om økt fokus på kjernekunde segmentene der Maconomy hadde samlet mer enn 15 års erfaring og ekspertise.
I juni 2005 ble Hugo Dorph ansatt som ny CEO i Maconomy. Hans hovedmål var å gi startskuddet til en ny epoke med vekst. Etter en signifikant økning av både topp- og bunnlinje i løpet av den første vekstfasen fra 2006 til 2008, annonserte Hugo Dorph sammen med ledergruppen en treårs vekstplan som ville hjelpe Maconomy med å bli en europeisk markedsleder innen ERP leverandører for kunnskapsbedrifter.